除菌治療を行って「除菌成功」と判定されているのですが、検診の採血で「ピロリ菌陽性」と診断されました。これはどういうことですか？

尿素呼気試験などで除菌成功が確認されていても、採血ではしばらくは陽性と診断されることはしばしば見受けられることですので、基本的には除菌成功として問題ありません。
採血でのピロリ菌検査は一度感染すると陽性なります。除菌治療が成功してもはじめは陽性のままです。
徐々に抗体価が低下していき、5年くらいでようやく陰性と判定されます。
除菌治療後5年以上経過しているのに抗体陽性となる場合には、きちんと除菌ができていない可能性がありますので、別の方法でピロリ菌除菌判定を再検査したほうがよいでしょう。