処方箋の有効期限が切れた場合はどうすればよいですか？

特別な指示がない限りは、基本的に4日間となっています。
万が一4日間を過ぎてしまった場合は、調剤薬局にお持ちください。薬局とクリニックが連絡を取りますので、医師が許可した場合は、有効期限を延長することができます。