ピロリ菌を除菌すると、かえって逆流性食道炎になると聞きましたが、除菌はしたほうがよいですか？

およそ5％の割合で、ピロリ菌除菌後に逆流性食道炎の症状が現れると言われています。
これは、ピロリ菌感染のために抑えられていた胃酸分泌が、除菌により復活したためです。
胃の本来の働きが戻ってきたことになります。除菌後の逆流性食道炎の症状は一時的なものですので、心配いりません。
ピロリ菌がいると胃がんのリスクが、もともといない人に比べて10倍以上高くなってしまいますので、やはり除菌治療を行うことをお勧めいたします。